Dział Kliniczny CM utworzony został przez ówczesnego Prorektora Uniwersytetu Jagiellońskiego ds. Collegium Medicum – prof. dr hab. Stanisława Konturka Zarządzeniem nr 17/96 z dnia 14 października 1996 r. Początkowo zajmował się nadzorem nad dwoma szpitalami klinicznymi przy ul. Kopernika i w Prokocimiu. Szpitale kliniczne, które wcześniej stanowiły element struktury organizacyjnej uczelni zostały wyodrębnione i jako samodzielne publiczne zakłady opieki zdrowotnej poddane nadzorowi ze strony Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum. Do zadań działu należała także obsługa administracyjna Stałej Rektorskiej Komisji Etycznej ds. Badań Klinicznych oraz Stałej Rektorskiej Komisji ds. Klinicznych. Z biegiem lat pod jego opiekę doszły kolejne jednostki. W 1997 r. do struktury Uniwersytetu Jagiellońskiego powrócił Uniwersytecki Szpital Ortopedyczno-Rehabilitacyjny w Zakopanem, a w 2000 r. powstała Uniwersytecka Klinika Stomatologiczna w Krakowie. Od tej pory Dział Kliniczny CM sprawuje stały nadzór i kontrolę nad czteroma uniwersyteckimi podmiotami leczniczymi.

Znacząca zmiana w strukturze organizacyjnej miała miejsce w 2011 r. Wówczas dokonano podziału na Sekcję ds. Szpitali Uniwersyteckich, której przypisane zostały dotychczasowe zadania oraz Sekcję ds. Badań Klinicznych, której przypadł nowy obszar działalności tj. pomoc w prowadzeniu projektów naukowych, badań klinicznych oraz obsługa administracyjna Komisji Bioetycznej. Tym samym zakres działalności działu mocno się rozszerzył o wsparcie badań naukowych prowadzonych w ramach Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum. Liczba pracowników zwiększyła się do ponad 20 osób.

Po 6 latach funkcjonowania w takiej strukturze nastąpiła likwidacja obu sekcji, a pracownicy związani ze wsparciem badań przeniesieni zostali do nowopowstałego Działu Administracyjnego Wsparcia Projektów i Współpracy Międzynarodowej CM, aktualnego Działu Nauki CM.

Dział Kliniczny CM nadal kontynuuje swoją pracę w zakresie nadzoru i kontroli  nad uniwersyteckimi podmiotami leczniczymi oraz szeroko pojętej współpracy z jednostkami systemu opieki zdrowotnej.

Warto wspomnieć o ważnej roli Pełnomocników Prorektora CM ds. Klinicznych, którzy od początku istnienia działu sprawują nadzór merytoryczny nad jego pracą i wspierają swoją wiedzą i doświadczeniem.

W celu powiększenia liczby miejsc, w których prowadzi się dydaktykę i badania naukowe Dział Kliniczny CM zajmuje się podpisywaniem umów z innymi szpitalami, które tworzą tzw. „bazą obcą”. Obecnie należą do niej wybrane oddziały: Szpitala Specjalistycznego im. J. Dietla w Krakowie, Szpitala Miejskiego Specjalistycznego im. Gabriela Narutowicza w Krakowie, Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II, Szpitala Zakonu Bonifratrów św. Jana Grandego w Krakowie oraz Szpitala Ortopedicum w Krakowie.

Od 2017  r. w zadania działu na stałe wpisała się współpraca z „Uniwersytecką Siecią Szpitali Szkolących”.

20 czerwca 2017 r. Władze Uczelni podpisały porozumienie ze szpitalami z województwa małopolskiego, w wyniku którego powstała Uniwersytecka Sieć Szpitali Szkolących. Obecnie sieć tworzy 16 podmiotów leczniczych, z którymi Collegium Medicum współpracuje przy organizowaniu zajęć praktycznych i praktyk wakacyjnych dla studentów. W zamian pracownicy szpitali mogą podnosić swoje kwalifikacje w trakcie kursów, szkoleń i studiów podyplomowych organizowanych przez Uczelnię. Uniwersytecka Sieć Szpitali Szkolących została zgłoszona do konkursu LUMEN 2019, który nagradza projekty w obszarze efektywnego zarządzania uczelnią. Projekt koordynowany przez Dział Kliniczny CM zdobył nagrodę główną w konkursie w kategorii „Współpraca”. Uroczystość wręczenia nagród odbyła się 19 listopada 2019 r. w Warszawie, a odebrał ją lider projektu prof. Stanisław Kwiatkowski, Pełnomocnik Prorektora CM ds. klinicznych, obecny przełożony Działu Klinicznego CM.

Obecnie w skład zespołu wchodzą są: mgr inż. Ewelina Koryczan, mgr Anna Stanowska, mgr Ewelina Kukiełka, inż. Jan Zasowski i mgr Grzegorz Krzempek.