Do zakresu zadań Działu Klinicznego CM należy prowadzenie spraw organizacyjnych, administracyjnych i prawnych dotyczących szeroko rozumianej współpracy z uniwersyteckimi podmiotami leczniczymi.

Głównym zadaniem Działu jest pełnienie stałego nadzoru i kontroli nad uniwersyteckimi podmiotami leczniczymi zgodnie z przepisami ustawy o działalności leczniczej; w szczególności dotyczy to: weryfikacji i oceny realizacji zadań określonych w regulaminie organizacyjnym i statucie Jednostek, oceny dostępności i jakości udzielanych świadczeń zdrowotnych, prawidłowości gospodarowania mieniem i środkami publicznymi oraz oceny gospodarki finansowej. W tym celu przeprowadzane są kontrole (planowe i doraźne) działalności statutowej uniwersyteckich podmiotów leczniczych. Ponadto Dział Kliniczny CM zajmuje się sporządzaniem sprawozdań z działalności oraz analiz finansowo-ekonomicznych mających na celu ocenę sytuacji finansowej, struktury kosztochłonności, rentowności, a także wykorzystania zasobów nadzorowanych jednostek oraz przygotowaniem zbiorczej sprawozdawczości kwartalnej, półrocznej i rocznej uniwersyteckich podmiotów leczniczych dla Ministerstwa Zdrowia oraz innych jednostek administracji publicznej.

Dodatkowo Dział realizuje następujące zadania:

1. współpraca w zakresie spraw organizacyjnych, administracyjnych i prawnych
   z pozostałymi podmiotami leczniczymi, w których UJ CM posiada bazę naukowo-dydaktyczną – tzw. „baza obca”;
2. prowadzenie całości spraw związanych z realizacją zadań statutowych Uczelni jako podmiotu tworzącego uniwersyteckie podmioty lecznicze, w tym w szczególności:
   1. sprawowanie formalnego nadzoru nad opracowaniem nowych lub aktualizacją statutów uniwersyteckich podmiotów leczniczych przedstawianych do zatwierdzenia Senatowi UJ;
   2. administrowanie spraw związanych z powoływaniem oraz funkcjonowaniem rad społecznych działających w uniwersyteckich podmiotach leczniczych;
   3. sprawowanie formalnego nadzoru nad wyborem podmiotu uprawnionego do badania sprawozdania finansowego uniwersyteckich podmiotów leczniczych oraz jego zatwierdzenia przez podmiot tworzący;
3. administrowanie spraw związanych z zawieraniem umów z podmiotami leczniczymi na realizację zadań dydaktycznych i badawczych prowadzonych przez Uczelnię w powiązaniu z udzielaniem świadczeń zdrowotnych i promocją zdrowia oraz pełnienie stałego nadzoru nad ich realizacją;
4. prowadzenie bieżącej korespondencji dotyczącej współpracy UJ CM z administracją rządową i publiczną w zakresie organizacji ochrony zdrowia;
5. pełnienie nadzoru nad działalnością inwestycyjną uniwersyteckich podmiotów leczniczych m.in. w ramach programów wieloletnich, inwestycji, dotacji celowych;
6. koordynowanie prac i obsługa administracyjna postępowania konkursowego na stanowisko dyrektora uniwersyteckiego podmiotu leczniczego;
7. obsługa administracyjno-organizacyjna Stałej Komisji ds. klinicznych;
8. koordynowanie prac związanych z przygotowaniem, podpisaniem i aneksowaniem umów użyczenia zawieranych z uniwersyteckimi podmiotami leczniczymi i „bazą obcą”;
9. prowadzenie całości prac o charakterze formalno-prawnym w zakresie skarg i wniosków wpływających do UJ CM, a dotyczących funkcjonowania uniwersyteckich podmiotów leczniczych;
10. monitorowanie zmian wprowadzanych w systemie ochrony zdrowia – przepisy prawa oraz projekty legislacyjne.

Dział Kliniczny CM podlega Prorektorowi UJ ds. Collegium Medicum. Nadzór merytoryczny nad pracą Działu sprawuje Pełnomocnik Prorektora CM ds. klinicznych.